اصلی ترین موضوع مورد اختلاف میان نکونام و علی خطیر از ابتدای فصل، بحث بر سر جذب بازیکنان موردنظر سرمربی آبی پوشان بوده است. نکونام در نقل و انتقالات زمستانی چند لیست را به مدیریت باشگاه تحویل داد ولی هیچ کدام از نفرات مورد نظرش جذب نشدند.

این اتفاق در تابستان نیز رخ داده بود. مدیریت باشگاه که اصرار زیادی روی رعایت قانون سقف بودجه داشت، نتوانست تعداد زیادی از بازیکنان مورد نظر کادرفنی را به خدمت بگیرد که همین مسئله اختلاف طرفین را افزایش داد ولی با برخی پادرمیانی ها، روابط مدیرعامل و سرمربی بهبود پیدا کرد. اما در هفته های اخیر یک مرتبه دیگر این اختلافات افزایش یافت و منجر به انجام مصاحبه های جنجالی از سوی کادرفنی و مدیریت علیه یکدیگر شد که گفته می شود وزارت ورزش به این موضوع ورود کرده و از طرفین خواسته است به بحث و جنجال علیه هم پایان دهند.

پس از جذب ماشاریپوف، سیلوا و فخرالدینی، استقلال همچنان به دنبال جذب نفرات دیگری نیز بود که حالا فرشید سمیعی عضو هیئت مدیره آبی ها طی گفتگویی که با شبکه خبر داشت، از تلاش این باشگاه برای به خدمت گرفتن یک بازیکن دیگر خبر داد. سمیعی گفت: طبق صحبت هایی که با آقای خطیر داشتم، قرار است یک بازیکن بگیریم. مواضع آقای نکونام مشخص است و ایشان صراحتا گفته‌اند من تنها چیزی که می‌خواهم، بازیکن است و مشکل دیگری ندارم.

او ادامه داد: ما در ابتدای فصل با توجه به اینکه سال قبل تیم‌مان بالای ۵۰۰ میلیارد بسته شده بود، نمی‌توانستیم بازیکن بگیریم. از همان زمان مصوب کردیم که در نیم فصل بازیکنان مورد تایید آقای نکونام قرار بگیرند.